六角龙鱼分辨公母需要等到成年，公六角龙鱼的身体修长，但是头部较宽，洩殖腔会凸起，泄殖孔距离后腿较远。而母六角龙鱼的体型宽胖，头部较窄，洩殖腔平坦，泄殖孔距离后腿比较近。
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幼年时期的六角龙鱼分辨公母是比较难的，要想分辨公母，需要等到成年之后才可以，否则很容易分辨错。一般情况下，成年公六角龙鱼的体型较为修长，母六角龙鱼体型比较宽壮。
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但是可以明显的看到公六角龙鱼的洩殖腔，会出现肿大并呈现凸起的状态，而母六角龙鱼的洩殖腔是平坦的，不会凸起，也不会出现凹陷的现象。
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其次，公六角龙鱼的头部比较宽，母六角龙鱼的头部较窄。另外，公六角龙鱼的泄殖孔离后腿之间的距离较长，而母六角龙鱼的泄殖孔离后腿比较近。
