柯基眼睛是蓝色的，主要是因为基因导致的，因此对于柯基的身体并不存在任何的危害。
柯基的眼睛颜色都是遗传来的，除了上一代带有哈士奇的血统之外，还可能是由于基因突变导致，蓝眼只能说明柯基的血统或者基因存在缺陷，按照国际标准来说，除了陨石色柯基以外，蓝眼算是较严重的失格，但是很多人都认为蓝眼比较独特，因此只要不参赛，作为家养宠物也是比较好的选择。
纯种柯基的眼睛颜色一般是深褐色，眼睛周围带有一圈比较深的黑色毛发，整体呈现杏仁状。但是由于基因的遗传问题，比如杂交或变异等原因，柯基的眼睛颜色还可能存在白、黄、蓝、红等各种颜色，这主要还是取决于它的祖辈。
柯基蓝眼是可能会遗传的，而且几率还比较大，但是不建议主人将鸳鸯眼或是蓝眼这类的柯基进行繁殖，因为这样的柯基基因是极不稳定的，因此越繁殖，后代出现问题的几率就会越大，之后影响的可能不仅仅是外观，还可能会导致失明、瘸腿等健康问题。
