巴塔哥尼亚豚鼠的皮毛是灰棕色，但尾部内侧为白色，用以在危险逼近时警示同伴。其体长在69-75厘米，尾长4-5厘米，重量8-16公斤。

巴塔哥尼亚豚鼠善于跳跃，眼大，尾短。与其它豚鼠不同的是，巴塔哥尼亚豚鼠的后脚趾有钩形爪。