隐纹花鼠体长115~158mm，尾长85~130mm。尾端毛较长，尾的末端逐渐尖细。前足掌部裸露，掌垫2枚，指垫3枚；隐纹花鼠后足蹠部裸露。蹠垫2枚，外侧者略大，趾垫5枚。

隐纹花鼠前足4指，后足5趾，爪呈钩状。耳壳明显，耳长9~16mm；眶间前部宽而较平坦，眶上突位于眶间部的较后部位，眶间宽11~13.2mm。隐纹花鼠雌性具乳头3对，腹部1对。