水田鼠的毛色随亚种变化较大，它的背毛呈棕褐色、灰褐，乃至黑褐色。腹毛的毛基为铁灰色，毛尖为土黄色。体侧颜色比背色稍浅，有的亚种有棕黄色泽，有的亚种没有棕黄色泽。

水田鼠的尾巴和背面毛色相同，均为黑褐色，尾底面稍有灰色，但并没构成背与底明显的二色。前、后脚背面黑褐色。头顶与背色同，头侧和颊部，有时包括耳朵，似腹色，有深棕黄色泽。