笔尾树鼠尾甚长且单色，尾端长毛似笔。吻比小家鼠稍钝，口须甚长，可达50mm以上。尾长大于体长。

笔尾树鼠前后肢第1趾无爪而具扁甲，并与其余4趾相对，趾垫发达。体毛柔软细密，由吻端至眼前毛较暗，眼圈赭黑色，头顶至体背部赭褐色，毛基灰褐色，上唇向后至眼下，喉、胸、腹部毛全白色。