马达加斯加大头侧颈龟是马达加斯加侧颈龟属下的唯一一个分支，仅分布在马达加斯加河流域，在国内几乎不可见。在全球，马达加斯加大头侧颈龟的整体数量也极为稀少，是世界上濒危的龟种之一，名列海龟保育基金（TFC）前25名濒临灭绝的物种。所以其价值无法估量。

这个物种的主要威胁是：

它们会被当作人类的食物，亦有些会被夹在鱼网、渔陷阱和钩线内。它们也会被猎杀，非法出口到亚洲的传统医药和宠物市场。另一个威胁是土地开发破坏其自然栖息地。