毛耳飞鼠的体毛密厚柔软，头部上面及体背面呈光泽的红褐带橙色，并有黑色闪光，有的呈棕褐色，也有的呈浅黄带赤色，杂以褐斑或花自细斑纹。

毛耳飞鼠的飞膜较大，背面为黑褐色，略带赤褐色，它的前端边缘呈鲜锈褐色，尾毛蓬松，略呈左右对分状态，尾部为淡栗褐色或灰褐色。

毛耳飞鼠的体腹面一般为淡赤褐色或浅黄色或淡棕黄色，前后足呈暗褐色或黄褐色，足被以长毛，将每一个爪部分遮盖起来。