小林姬鼠的性格机敏，运动能力强，有挖掘食物的能力，喜欢啃食种子，通常在夜间出没活动。

小林姬鼠喜湿润，喜欢在倒木、树根、枯枝落叶下、田埂、墙角等处筑巢，一般为夜间活动，以植物性食物为主，也吃昆虫。有的小林姬鼠冬季就迁入房舍，天暖再迁到野外。