黑线鼠的背毛一般为棕褐色，背毛基部多为深灰色，上段为黄棕色，有些带有黑尖。背部具一条明显黑线，从两耳之间一直延伸至接近尾的基部，体侧毛为棕色，无黑毛尖。

黑线鼠的腹面与四肢内侧毛为灰白色，毛基为灰色，毛尖为白色，尾毛短且稀，鳞片裸露，鳞片环清晰。